Abstrakt
Mer enn ett år har gått siden begynnelsen av den nye pandemien med koronavirussykdommer (COVID-19) i 2019, som har skapt enorme problemer globalt som påvirker alle aspekter av menneskers liv. På grunn av fremveksten av nye stammer av SARS-CoV-2, gjenstår pandemisk risiko, til tross for starten av vaksinasjonen. Derfor er raske diagnostiske tester avgjørende for å kontrollere infeksjon, forbedre klinisk behandling og stoppe spredningen av sykdommen. Nylig har CRISPR-baserte diagnoseverktøy muliggjort rask diagnostikk. Her gjennomgår vi diagnoseapplikasjonene til CRISPR-Cas-systemet i COVID-19.
Nøkkelord: COVID-19, CRISPR-Cas-systemer, SARS-CoV-2
Introduksjon
I desember 2019 dukket et nytt beta-korona-virus kalt alvorlig akutt respiratorisk syndrom-relatert koronavirus (SARS-CoV-2) opp i Wuhan, Kina og spredte seg raskt over hele verden. Etter alvorlig akutt respiratorisk syndrom-relatert koronavirus (SA-RS-CoV) og Midtøsten respiratorisk syndrom Coronavirus (MERS-CoV), er SARS-CoV-2 det tredje zoonotiske koronaviruset som er ansvarlig for pandemien i det nåværende århundret. SARS-CoV-2 forårsaker koronavirussykdommen 2019 (COVID-19) 1 – 4 . Til dags dato, ifølge rapporter fra Verdens helseorganisasjon (WHO), har mer enn 100 millioner mennesker blitt smittet med COVID-19, og mer enn 2 millioner mennesker over hele verden har dødd av sykdommen. SARS-CoV-2 er et positivt+ sanse-RNA-virus med et stort genom på omtrent ~27 til ~32 kb. SARS-CoV-2 tilhører Coronaviridae-familien, som kan infisere et bredt spekter av fugler og pattedyr som mennesker. På grunn av deres brede vertsområde og høyfrekvente rekombinasjon i koronavirus, er generering av høyvirulente virus vanlig i denne familien. De vanligste menneskelige koronavirusene som kan forårsake en mild infeksjon som forkjølelse hos mennesker inkluderer Human Coronavirus NL63 (HCoVNL63), Human Coronavirus 229E (HCoV-229E), Human Coronavirus OC43 (HCoV-OC-43) og Human Coronavirus HKU1 (HCoV) -HKU1) 1 , 2 , 5. Før 2003 ble medlemmer av denne familien antatt å forårsake bare en mild luftveissykdom hos mennesker, men fremveksten av nye koronavirus SARS-CoV i 2003, MERS-CoV i 2012 og den siste SARS-CoV2 i 2019 indikerte at de kan forårsake alvorlig akutt respiratorisk syndrom 6 . Til dags dato har flere legemidler som Remdesivir, Dexamethason og inhalert interferon-beta blitt lisensiert basert på resultatene av randomiserte kontrollerte studier 7. I tillegg har nylige suksesser i utviklingen av COVID-19-vaksine og utbruddet av vaksinasjon mot SARS-CoV-2 vakt håp om en slutt på pandemien. Ikke desto mindre, på grunn av høy smittsomhet av denne sykdommen under inkubasjonsperioden og fremveksten av nye stammer av SARS-CoV-2, utvikler COVID-19 seg fortsatt globalt og er fortsatt et alvorlig helseproblem 1 , 8 . Derfor er rimelige, nøyaktige og raske metoder for påvisning av COVID-19 nødvendig for raskt å identifisere infiserte mennesker og isolere dem for å unngå ytterligere spredning av dette viruset og redusere risikoen for overføring av sykdom.
Ulike teknikker, inkludert RT-qPCR, sekvenseringsbaserte metoder og immunologiske metoder har blitt brukt for å diagnostisere SARS-CoV-2. Begrensningene som lav nøyaktighet og følsomhet ved prøvepreparering, reagenser, utstyr og forskjellige typer kliniske prøver har begrenset de vanlige metodene for å oppdage SARS-CoV2 (RT-PCR, serologi); derfor er ytterligere forskning nødvendig for å finne rimelige metoder med høy følsomhet for å oppdage SARS-CoV2 9 – 11. På denne måten kan det nyeste CRISPR-Cas [Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-CRIS-PR Associated System (CAS)] utnyttes til å utvikle diagnostiske eller terapeutiske tilnærminger. CRISPRCas er en del av bakteriell ervervet immunsystem i forsvar mot fager og invaderende genomer. CRIS-PR-Cas-systemet består av to deler, inkludert CRISPR-array og Cas-proteiner. CRISPR er en rekke korte gjentatte sekvenser i genomet til bakterier, separert av DNA-fragmenter kalt spacere. Disse spacerne stammer fra fagen eller invaderende genomer, som møter bakteriegenomet. Cas-proteinene er svært forskjellige og utfører mange funksjoner, inkludert nuklease, helikase , etc. CRISPR array fungerer som et minne for å gjenkjenne smiende genomer og Cas-proteiner som Cas 9 som ødelegger fremmede genomer12 – 16 . En dypere forståelse av CRISPR-Cas-biologien kan lette utviklingen av nye diagnostiske og terapeutiske verktøy og strategier innen smittsomme sykdommer.
CRISPR-Cas-teknologien gir løfter om å diagnostisere nøyaktig og behandle infeksjonssykdommer som virus- og bakteriesykdommer. I denne forbindelse har flere studier vist potensialet til CRISPR/Cas-teknologi i behandling og diagnostisering av virusinfeksjoner (human immunsviktvirusinfeksjon, hepatittvirusinfeksjoner, etc.) og bakterielle infeksjoner ( Escherichia coli , etc. ) 17 – 20 . Raske og nøyaktige diagnostiske tester letter tidlig gjenkjennelse og behandling av infeksjonssykdommer. Til dags dato har forskjellige varianter av CRISPR-systemene blitt introdusert for molekylær påvisning av infeksjonssykdom. I denne gjennomgangen har vi fokusert på bruken av CRISPR-Cas-systemet for COVID-19-diagnose21 , 22 .
CRISPR-teknologi for tidlig oppdagelse
De siste årene har en svært sensitiv, presis og rask teknologi kalt CRISPR-Cas-systemet forårsaket en revolusjon innen genomredigering. Dessuten er CRISPRCas-systemet et veletablert genomredigeringsverktøy; det er rapportert at det kan muliggjøre rask påvisning av nukleinsyren. Det er to hovedklasser av CRISPR-Cas-systemer basert på Cas-protein: Klasse 1 (type I/cas3, III/cas10 og IV) og Klasse 2 CRISPRCas-system (II/Cas9, V/Cas12 og VI/Cas13) 15 , 23. Klasse 1 CRISPR-Cas-systemer utnytter komplekser med flere underenheter for å identifisere og spalte målsekvensen, mens klasse 2-systemer bruker et enkelt-underenhets-Cas-protein for å gjenkjenne og spalte målsekvensen. Nylig har flere typer Cas-proteiner som Cas9, Cas12 og Cas13 som tilhører klasse 2 CRISPR-Cas-systemet blitt brukt for påvisning av nukleinsyre. Cas9- og Cas12-endonukleaseenzymer er i stand til å kutte dobbelttrådet DNA (dsDNA), mens Cas13 retter seg mot RNA, i motsetning til Cas9 som blir en inaktiv tilstand etter målspaltning. Nukleaseenzymaktiviteten til Cas12 og Cas13 forblir aktiv etter målretting av ønskede sekvenser og kan spalte både mål- og ikke-målsekvensene. Derfor, hvis målsekvensen er tilstede i en prøve, blir disse enzymene aktivert og vil begynne å kutte uten å stoppe. Dermed, nukleasemediert nedbrytning av ikke-målsekvenser merket med et fluoroforfargestoff kan produsere fluorescerende signaler som kan fungere som en indikator for å bestemme de ønskede nukleinsyrene. Derfor kan disse nukleasene utnyttes for nukleinsyredeteksjon15 , 23 – 25 . Til dags dato har flere lovende tilnærminger blitt utviklet basert på CRISPR-teknologi for tidlig diagnose av COVID-19, for eksempel Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking (SHERLOCK) system, DNA Endonuclease-Targeted CRISPR Trans Reporter (DETECTR) system, FnCas9 Editor Linked Uniform Deteksjonsanalyse (FELUDA), Cas3-Operated Nucleic Acid Detection (CONAN) og Variant Nucleotide Guard (VaNGuard).
SHERLOCK-analyse
CRISPR-Cas13a enzymbasert Covid-19-deteksjon:
For det første introduserte Feng Zhang og kolleger SHERLOCK for å oppdage RNA-virus som Zika- og Dengue -virus. I det nåværende COVID-19-utbruddet har Biosciences Company mottatt FDA-godkjenning for sin SHERLOCK-baserte COVID-19-deteksjonstest. Ved å bruke SHERLOCK-metoden kan dette selskapet oppdage flere gener av SARS-CoV-2 innen 1 time 11 , 26 – 28 . I denne metoden brukes Cas13 – et enzym som fungerer som en ribonuklease (RNase) og målrettet RNA – i stedet for DNA. Cas13-enzymet blir aktivert når det binder seg til RNA-mål viaspesifikke gRNAer. Aktivert Cas13 fører til spaltning av RNA-målsekvenser og ikke-målreporter som omgir ssRNA og resulterer i produksjon av kvantifiserbare signaler 11 , 26-29 . SHERLOCK-deteksjonsprotokollen inkluderer tre trinn:
- Etter ekstraksjon av SARS-CoV-2 RNA fra pasientprøver, omdannes de ønskede sekvensene som S- eller ORF1ab -genet til SARS-CoV-2 til cDNA ved å bruke RT-RPA eller RT-LAMP, og deretter blir cDNA-er igjen transkribert til ssRNA ved hjelp av T7 transkripsjon.
- Deretter legges CRISPR-Cas13-systemkomplekset inkludert Cas13-enzym, gRNA og fluorescensmerkede nukleotidsekvenser til det amplifiserte ssRNA. Etter gjenkjennelse av målsekvenser via gRNA, blir Cas13 aktivert og de fluorescerende reportersekvensene vil bli spaltet.
- Til slutt avsløres det fluorescerende signalet som produseres ved spalting av RNA-reportere (Figur 1).Figur 1.Skjematisk av CRISPR-basert nukleotiddeteksjon (SHERLOCK)
DETECTR-analyse
CRISPR-Cas12a Enzymbasert Covid-19-deteksjon:
Et annet CRISPR-basert deteksjonssystem for COVID-19-infeksjon kalt DETECTR-teknologi er utviklet av Broughton et al basert på CRISPR-Cas 12 30 . For det første etablerte Chen et al DETECTR-teknologi i 2018 for å oppdage humant papillomavirus (HPV) 31 . Denne metoden er raskere enn SHERLOCK (~30 min ) og i motsetning til Cas13 brukt i SHERLOCK Cas12 i DETECTR gjenkjent dsDNA i stedet for ssRNA 9 , 15 , 32 . Etter SARS-CoV-2 RNA-ekstraksjon fra pasientprøver, inkluderer denne metoden tre trinn:
- De ønskede sekvensene av det ekstraherte RNA, slik som E- og N- gener av SARS-CoV-2, blir revers transkribert og deretter isotermisk amplifisert ved bruk av RT-RPA eller RT-LAMP.
- Deretter legges cDNA-amplikonene direkte til CRISPR-Cas 12-komplekset inkludert Cas12-enzym, gRNA og nukleotidsekvenser merket med et fluorescerende fargestoff. Cas12-enzymet binder seg til målsekvensen via gRNA; etter aktivering vil den spalte målsekvensen og reportermolekylene.
- Til slutt genererer spaltning av reportermolekyler av Cas12 fluorescens, som kan visualiseres (Figur 2).Figur 2.Skjematisk av CRISPR-basert nukleotiddeteksjon (DETECTR).
FELUDA-analyse
CRISPR-Cas9 enzymbasert Covid-19-deteksjon:
Cas9-enzym er det mest populære genomredigeringsverktøyet. Cas9-enzym i kombinasjon med et spesifikt gRNA er i stand til å identifisere og spalte ønsket DNA-sekvens. Flere grupper har brukt CRISPR-Cas9 basert teknologi som et diagnostisk verktøy ved infeksjonssykdommer. Nylig har Azhar et al rapportert FnCas9-enzym for COVID-19-deteksjon; de kalte sin FnCas9-baserte metode FELUDA-analyse. FnCas9, et enzym med høy mismatchfølsomhet, finnes i Francisella novicida 33 , 34 .
Etter ekstraksjon av SARS-CoV-2 RNA fra pasientprøver, inkluderer denne metoden tre trinn:
- Ekstraherte RNA-er omdannes til cDNA ved hjelp av revers transkriptase og forsterkes deretter ved bruk av biotinmerkede primere.
- Deretter tilsettes FnCas9-komplekset inkludert sgRNA, FAM-merket tracrRNA og FnCas9-enzym til de biotinmerkede amplikonene. Binding av Ribonucleo-protein (RNP) FnCas9-kompleks merket med FAM til målsekvensene til positive prøver fører til aktivering av FnCas9-komplekset, noe som resulterer i spaltninger av FAM-merket tracrRNA.
- Til slutt fører tilsetning av gullnanopartikler konjugert med FAM-antistoff til det forrige komplekset til akkumulering av antistoffspesifikk binding som følgelig gjør det ytterligere detekterbart (Figur 3).Figur 3.Skjematisk av CRISPR-basert nukleotiddeteksjon (FELUDA).
CONAN-analyse
CRISPR-Cas3 enzymbasert Covid-19-deteksjon:
Yoshimi et al har utviklet en type kollateral spaltningsbasert metode kalt Cas3-Operated Nucleic Acid Detection (CONAN) lateral flow-analyse, som letter rask (innen 40 minutter), rimelig og sensitiv påvisning av nytt koronavirus SARS-CoV -2 11 . Som nevnt ovenfor tilhører de CRISPR-baserte diagnostiske nukleinsyretestene hovedsakelig klasse 2 CRISPR, men CONAN lateral flow-analyse er basert på Cas3 nuklease, som tilhører klasse 1 CRISPR. Cas3 endonuklease, kan spalte de ønskede DNA-sekvensene. I motsetning til de enkle Cas12a- og Cas13-plattformene, trenger CONAN flere Cas-proteiner (Cas3, 5, 6, 7, 8 og 11) 11 , 23 . Etter ekstraksjon av SARS-CoV-2 RNA fra pasientprøver, inkluderer denne metoden tre trinn:
- Den ønskede sekvensen til N- genet blir revers transkribert og amplifisert med RT-RPA eller RT-LAMP.
- Deretter legges syntetisert cDNA til Cascade-crRNA-komplekset (inkludert Cas3, Cascade-proteiner, crRNA og ssDNA-reporterprobe). Cas3-enzymet binder seg til målsekvensen og blir aktivert. Den aktiverte Cas3 spalter målsekvensen og ssDNA-reporterproben.
- Til slutt produserer spaltningen av reportersonden fluorescerende signaler, som er målbare (Figur 4).Figur 4.Skjematisk av CRISPR-basert nukleotiddeteksjon (CONAN).
VaNGuard-analyse
CRISPR-Cas12a-variant Enzymbasert Covid-19-deteksjon:
I likhet med andre RNA-virus har SARS-CoV-2 høye mutasjonsrater. Siden SARS-CoV-2 først ble identifisert for et år siden, har tusenvis av SARS-CoV-2-varianter som Storbritannia, Sør-Afrika, Brasilianske og indiske varianter blitt identifisert. Disse variantene er mer smittsomme og gjør det vanskeligere å kontrollere pandemien. På den annen side er slike mutasjoner vanskelig å oppdage med konvensjonelle metoder, derfor er tidlig påvisning av disse variantene sterkt nødvendig 35 , 36 . Nylig har et nytt diagnostisk verktøy, kalt Variant Nucleotide Guard (VaNGuard) blitt utviklet av et team av forskere fra Nanyang Technological University (Singapore). VaNGuard er en CRISPR-Cas 12-basert diagnostisk analyse som ved bruk av konstruert, da Cas12a-enzym kan oppdage villtype og mutert SARS-CoV-2 innen 30min . Dette enzymet (enAsCas12a), kan tolerere enkelt feiltilpasning når det brukes med SARS-CoV-2-målrettede gRNAer. I VaNGuard-teknikk brukes to forskjellige gRNA-er mot det ønskede SARS-CoV-2-genomet (for eksempel S- genet). To gRNA-er er designet for å målrette mot lignende sekvenser blant forskjellige varianter av SARS-CoV-2 35 , 36 .
- Det ønskede SARS-CoV-2-genomet, for eksempel S- genet, blir reverstranskribert og amplifisert av RT-LAMP.
- Deretter tilsettes syntetisert cDNA til Cascade-crRNA-komplekset inkludert: enAsCas12a, to forskjellige gRNA-er rettet mot S- genet og molekylet merket med et fluorescerende fargestoff). EnAsCas12a-enzymet binder seg til målsekvensen og blir aktivert. Den aktiverte enAsCas12a spalter målsekvensen og molekylet merket med et fluorescerende fargestoff.
- Til slutt produserer spaltningen av molekylet merket med et fluorescerende fargestoff fluorescerende signaler som er målbare.
Å bruke to gRNA-er (den ene var perfekt matchet og den andre hadde en enkelt mismatch) med enzymet enAsCas12a sikrer at hvis det er en mutasjon i ett av målstedene, vil det andre crRNAet fortsatt fungere kraftig, og fluorescenssignalet kan generere (Figur 5).
Skjematisk av CRISPR-basert nukleotiddeteksjon (VaNGuard).
Konklusjon
Ett år etter at WHO erklærte COVID-19-utbruddet som en global pandemi, til tross for vaksineutrulling, raser sykdommen fortsatt over hele verden. I tillegg truer fremveksten av nye SARS-CoV-2-stammer med å gjøre pandemien langt verre. Ulike studier har vist at COVID-19 er ekstremt smittsomt og flertallet av smittede personer (>80 %) med SARS-CoV-2 er asymptomatiske eller har mild sykdom. Disse egenskapene (svært smittsomme virus og asymptomatiske pasienter og fremveksten av nye SARS-CoV-2-stammer) gjør at sykdommen kan spre seg over hele verden og føre til omfattende skader på helsesystemet og den globale økonomien. Derfor oppfordres de raske og spesifikke diagnostiske metodene for å identifisere infiserte individer og sette dem i karantene for å avbryte overføringssyklusen til dette dødelige viruset globalt. CRISPR-Cas-systemet, den mest populære genomredigeringsteknologien varsler en ny æra i diagnostisering av SARS-CoV-2. I motsetning til konvensjonelle laboratoriemetoder for å oppdage COVID-19 som RT-qPCR, Next Generation Sequencing (NGS), som krever høyt trente teknikere og dyre fasiliteter, og serologiske tester som gjenkjenner antistoffer spesifikke for SARS-CoV-2 i senere stadier av infeksjon ( når mulighetene for å behandle og begrense sykdomsoverføring har passert), har CRISPR-Cas-baserte metoder høy spesifisitet og sensitivitet, uten behov for dyrt utstyr (Tabell 1). Gitt den høye presisjonen, spesifisiteten, portabiliteten og minimale utstyrskravene til CRISPR-Cas-baserte metoder, ville de være ideelle for «enkle å utføre tester» som er ekstremt viktige for diagnose av Covid19, spesielt i utviklingsland eller til og med steder med større risiko for infeksjon som flyplasser, havner og akuttmottak. I denne gjennomgangen har vi oppsummert CRISPR-baserte diagnostiske metoder, inkludert CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12, CRIS PR-Cas13 og CRISPR-Cas3, i utviklingen av raske, nøyaktige og bærbare diagnostiske tester i COVID-19.
Tabell 1.
Sammendrag av COVID-19-deteksjonsmetoder basert på CRISPR/Cas
System | Cas-type | Molekylært mål | Amplifikasjonsmetode | Basert på sivile aktivitet | Målregion | Deteksjonstid | Fordeler | Ulemper |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
DETEKTR | ||||||||
Cas12a | (dsDNA eller ssDNA) | RT-LAMPE | Ja | N/E | 30–40 min | – Høy følsomhet- Lav kostnad- Rask- Ingen krav til utstyr | Behov for nukleinsyreekstraksjon, begrenset tilgang til sett og reagenser | |
SHERLOCK | ||||||||
Cas13a | ssRNA | RT-LAMPE | Ja | ORF1ab/S | ~1 time | – Høy følsomhet- Lav kostnad- Rask- Ingen krav til utstyr | Behov for nukleinsyreekstraksjon, begrenset tilgang til sett og reagenser | |
CONAN | ||||||||
Cas3 | ssDNA | RT-LAMPE | Ja | N | 40 min | – Høy følsomhet- Lav kostnad- Rask- Ingen krav til utstyr | Behov for nukleinsyreekstraksjon, begrenset tilgang til sett og reagenser | |
Fortropp | ||||||||
Cas12a | ssDNA | RT-LAMPE | Ja | S | 30 min | – Høy følsomhet- Lav kostnad- Rask- Ingen krav til utstyr- Evne til å oppdage SARS-CoV-2-mutater | Behov for nukleinsyreekstraksjon, begrenset tilgang til sett og reagenser | |
FELUDA | ||||||||
Cas9 | ssDNA | RT-PCR | Nei | ORF1ab/N | ~1 time | – Høy følsomhet- Lav kostnad- Rask- Ingen krav til utstyr | Behov for nukleinsyreekstraksjon, begrenset tilgang til sett og reagenser |
Fotnoter
Interessekonflikt
Forfatterne erklærer at de ikke har noen interessekonflikt.
Finansiering:
Ikke aktuelt.
Referanser
1.
Organisasjon WH . Koronavirussykdom (COVID-19) . 2020. [ Google Scholar ]2.
Park SE. Epidemiologi, virologi og kliniske trekk ved alvorlig akutt respiratorisk syndrom-coronavirus-2 (SARSCoV-2; Coronavirus Disease-19) . Clin Exp Pediatr 2020; 63 ( 4 ):119–24. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]3.
Rothan HA, Byrareddy SN. Epidemiologien og patogenesen til utbruddet av koronavirussykdom (COVID-19) . J Autoimmun 2020:102433. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]4.
Velavan TP, Meyer CG. COVID-19-epidemien . Trop Med Int Health 2020. mars; 25 ( 3 ):278–80. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]5.
Coronaviridae-studiegruppe for den internasjonale komiteen for taksonomi av virus. Arten alvorlig akutt respiratorisk syndrom-relatert koronavirus: klassifisering av 2019-nCoV og navngi den SARS-CoV-2 . Nat Microbiol 2020; 5 ( 4 ): 536–44. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]6.
Kumar V. Nye menneskelige koronavirusinfeksjoner (SARS, MERS og COVID-19): hvor de leder oss . Int Rev Immunol 2021; 40 ( 1–2 ):5–53. [ PubMed ] [ Google Scholar ]7.
Buonaguro FM, Ascierto PA, Morse GD, Buonaguro L, Puzanov I, Tornesello ML, et al. Covid-19: tid for et paradigmeskifte . Rev Medl Virol 2020; 30 ( 5 ): e2134. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]8.
Hamed MA. En oversikt over COVID-19: virkelighet og forventninger . Bull Natl Res Cent 2020; 44 ( 1 ):86. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]9.
Javalkote VS, Kancharla N, Bhadra B, Shukla M, Soni B, Sapre A, et al. CRISPR-baserte analyser for rask påvisning av SARS-CoV-2 . Fortrykk. 2020. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]10.
Ullah M, Ibrar M, Uddin Khan S, Ullah H, Ali Khan N. COVID-19-deteksjon: Sammenligning og nøyaktighet av flere diagnostiske tester . Novel Research in Microbiology Journal 2020; 4 ( 4 ):868-83. [ Google Scholar ]11.
Yoshimi K, Takeshita K, Yamayoshi S, Shibumura S, Yamauchi Y, Yamamoto M, et al. Rask og nøyaktig påvisning av det nye koronaviruset SARS-CoV-2 ved hjelp av CRISPR-Cas3 . medRxiv . 2020. [ Google Scholar ]12.
Ebrahimi S, Makvandi M, Abbasi S, Azadmanesh K, Teimoori A. Utvikling av onkolytisk Herpes simplex-virus type 1 til UL39 knockout av CRISPR-Cas9 . Iran J Basic Med Sci 2020; 23 ( 7 ):937–44. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]13.
Ebrahimi S, Teimoori A, Khanbabaei H, Tabasi M. Utnyttelse av CRISPR/Cas 9-system for manipulering av DNA-virusgenom . Rev Med Virol 2019; 29 ( 1 ):e2009. [ PubMed ] [ Google Scholar ]14.
Richter C, Chang JT, Fineran PC. Funksjon og regulering av grupperte, regelmessige, korte palindromiske gjentakelser (CRISPR)/CRISPR-tilknyttede (Cas) systemer . Virus 2012; 4 ( 10 ):2291-311. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]15.
Wang M, Zhang R, Li J. CRISPR/cas-systemer omdefinerer nukleinsyredeteksjon: Prinsipper og metoder . Biosens Bioelectron 2020:112430. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]16.
Qomi SB, Asghari A, Mojarrad M. En oversikt over det CRISPR-baserte genomiske- og epigenomredigeringssystemet: funksjon, applikasjoner og utfordringer . Adv Biomed Res 2019; 8:49 . [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]17.
Kim JS, Cho DH, Park M, Chung WJ, Shin D, Ko KS, et al. CRISPR/Cas9-mediert re-sensibilisering av antibiotika-resistente Escherichia coli som huser utvidede spektrum β-laktamaser . J Microbiol Biotechnol 2016; 26 ( 2 ):394-401. [ PubMed ] [ Google Scholar ]18.
Kostyushev D, Brezgin S, Kostyusheva A, Zarifyan D, Goptar I, Chulanov V. Orthologous CRISPR/Cas9-systemer for spesifikk og effektiv nedbrytning av kovalent lukket sirkulært DNA fra hepatitt B-virus . Cell Mol Life Sci 2019; 76 ( 9 ):1779-94. [ PubMed ] [ Google Scholar ]19.
Liu X, Duan X, Holmes JA, Li W, Lee SH, Tu Z, et al. Et nytt lncRNA regulerer HCV-infeksjon gjennom IFI6 . Hepatologi 2019; 69 ( 3 ):1004. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]20.
Seeger C, Sohn JA. Målretting mot hepatitt B-virus med CRISPR/Cas9 . Mol Ther Nucleic Acids 2014; 3 ( 12 ): e216. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]21.
Mohammadzadeh I, Qujeq D, Yousefi T, Ferns GA, Maniati M, Vaghari-Tabari M. CRISPR/Cas9-genredigering: En ny terapeutisk tilnærming i behandlingen av infeksjon og autoimmunitet . IUBMB Life 2020; 72 ( 8 ): 1603–21. [ PubMed ] [ Google Scholar ]22.
Strich JR, Chertow DS. CRISPR-Cas biologi og dens anvendelse på infeksjonssykdommer . J Clin Microbiol 2019; 57 ( 4 ):e01307–18. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]23.
Liu TY, Doudna JA. Kjemi av klasse 1 CRISPR-Cas effektorer: Binding, redigering og regulering . J Bioll Chem 2020; 295 ( 42 ):14473-87. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]24.
Paul D, Naik P, Roy S. Utvikler en molekylær test for å oppdage SARS-CoV-2 . Transaksjoner fra Indian National Academy of Engineering 2020; 5 ( 2 ): 229–32. [ Google Scholar ]25.
Weissleder R, Lee H, Ko J, Pittet MJ. COVID-19-diagnostikk i sammenheng . Sci Transl Med 2020; 12 ( 546 ):eabc1931. [ PubMed ] [ Google Scholar ]26.
Joung J, Ladha A, Saito M, Kim NG, Woolley AE, Segel M, et al. Påvisning av SARS-CoV-2 med SHERLOCK-testing med én pott . N Engl J Med 2020; 383 ( 15 ): 1492–4. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]27.
Kellner MJ, Koob JG, Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Zhang F. SHERLOCK: nukleinsyredeteksjon med CRISPR-nukleaser . Nat Protoc 2019; 14 ( 10 ):2986-3012. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]28.
Xiang X, Qian K, Zhang Z, Lin F, Xie Y, Liu Y, et al. CRISPR-cas-systembasert molekylærdiagnostisk verktøy for infeksjonssykdommer og ny lungebetennelse i 2019 med coronavirus (COVID-19) . J Drug Target 2020; 28 ( 7–8 ): 727–731. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]29.
Goudarzi KA, Nematollahi MH, Khanbabaei H, Nave HH, Mirzaei HR, Pourghadamyari H, et al. Målrettet levering av CRISPR/Cas13 som en lovende terapeutisk tilnærming til behandling av SARS-CoV-2 . Curr Pharm Biotechnol 2020. Online i forkant av trykk. [ PubMed ] [ Google Scholar ]30.
Broughton JP, Deng X, Yu G, Fasching CL, Servellita V, Singh J, et al. CRISPR–Cas12-basert påvisning av SARSCoV-2 . Nat Biotechnol 2020; 38 ( 7 ):870-4. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]31.
Chen JS, Ma E, Harrington LB, Da Costa M, Tian X, Palefsky JM, et al. CRISPR-Cas12a-målbinding frigjør vilkårlig enkeltstrenget DNase-aktivitet . Vitenskap 2018; 360 ( 6387 ):436–9. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]32.
Jolany Vangah S, Katalani C, Booneh HA, Hajizade A, Sijercic A, Ahmadian G. CRISPR-basert diagnose av smittsomme og ikke-smittsomme sykdommer . Biol Proced Online 2020; 22:22 . [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]33.
Zhang F, Abudayyeh OO, Gootenberg JS. En protokoll for påvisning av COVID-19 ved hjelp av CRISPR-diagnostikk. En protokoll for påvisning av COVID-19 ved hjelp av CRISPR-diagnostikk . Synthego 2020;8. [ Google Scholar ]34.
Azhar M, Phutela R, Ansari AH, Sinha D, Sharma N, Kumar M, et al. Rask, feltdistribuerbar nukleobasedeteksjon og identifikasjon ved hjelp av FnCas9 . bioRxiv . 2020. [ Google Scholar ]35.
Ooi KH, Liu MM, Tay JWD, Teo SY, Kaewsapsak P, Jin S, et al. En konstruert CRISPR-Cas12a-variant og DNA-RNA-hybridguider muliggjør robust og rask COVID-19-testing . Nat Commun 2021; 12 ( 1 ):1739. [ PMC gratis artikkel ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]36.
Ooi KH, Tay JWD, Teo SY, Liu MM, Kaewsapsak P, Jin S, et al. En CRISPR-basert SARS-CoV-2 diagnostisk analyse som er robust mot viral evolusjon og RNA-redigering . bioRxiv . 2020. [ Google Scholar ]
+ There are no comments
Add yours